Durant et après le conflit, le gouvernement s’est employé à mettre en place une véritable politique d’impunité. Tout d’abord, il y eut en 1995, la « loi de la Rahma » (loi de la « clémence ») qui amnistiait quelques 5000 membres de groupes armés repentis. Ensuite, en 1999, la loi de la « concorde civile» qui amnistiait toutes personnes qui déposeraient les armes et qui se rendraient aux autorités.
En 2001, grâce à l'action des familles de victimes et à la pression internationale, le Ministre de l'intérieur reconnu, devant l’Assemblée Nationale, l’existence de 4.884 cas de disparitions.
En 2003, le Président de la République, Abdelaziz Bouteflika, instaura le Mécanisme ad hoc dans le but de "résoudre le problème des disparus". Deux ans plus tard, Maître Ksentini, alors Président de ce Mécanisme, déclara à 6.146 le nombre de disparitions "du fait des agents de l'État". Selon les ONG et les familles de disparus, ce chiffre est en deçà de la réalité et pourrait s’élever à 20.000, entre les disparus enlevés par les agents de l’Etat et les groupes terroristes islamistes.
Enfin, la même année, le Président Abdelaziz Bouteflika poursuivit sa politique d’impunité en faisant adopter, toujours par voie de référendum, la Charte pour la paix et la réconciliation nationale. Cette charte et ses textes d’application, entrés en vigueur début 2006, prônent en réalité l’oubli et consacrent l’impunité.
